Кодеки в любом случаи придется устанавливать. А любой сборник уже содержит в себе и MKV. Проблема в другом... Например, нет предпросмотра MKV в макоси или миниатюр в Win. Правда в последней я как-то это делал кажется, но подзабыл...
К тому же... Винда будет до последнего поддерживать свой родной AVI, а Мак будет развивать MOV. Они не очень заинтересованы в конкурентах.